我在学校上课了但未入学籍，能否申请学校证明

可以申请学校证明。从法律角度看，虽然未入学籍，但你在学校实际上课，与学校形成了事实上的教育关系。学校应基于这一关系为你提供相关证明。若学校拒绝开具证明，且对你的权益造成实质性影响，问题就比较严重了，应及时寻求法律途径解决。
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从法律角度，针对不同情况，处理此问题的具体操作如下：1.若学校同意开具证明，需明确证明内容，确保信息准确无误，并加盖学校公章。2.若学校拒绝，可先收集上课的相关证据（如课程表、成绩单、教师证言等），然后向教育部门提交投诉，说明情况并提供证据。3.若教育部门未能解决问题，可考虑提起行政诉讼。在此之前，需咨询专业律师，了解诉讼风险、成本和可能的结果。准备充分的证据材料，确保诉讼过程顺利。同时，考虑和解或调解的可能性，以降低成本和时间。
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从法律角度，处理此问题的常见方式有：与学校直接沟通、向教育部门投诉以及提起行政诉讼。选择处理方式时，应先尝试与学校沟通，若无效再考虑向教育部门投诉，最后可考虑行政诉讼，但需权衡诉讼成本和收益。